Dincolo de aceste aspecte, realitatea era extrem de îngrijorătare, conform informaţiilor făcute publice de către Anton Golopenţia în lucrarea sa intitulată „ Populaţia teritoriilor româneşti desprinse în 1940”, scrisă şi publicată „la cald”, în 1941, România suferea pierderi uriaşe, după cum urmează: „Dacă în 1930 pe teritoriul României de 295.042 km pătraţi trăiau 18.057.028 locuitori, dintre care s-au declarat români 71,9%, iar 28,1% de alt neam, adică unguri, germani, evrei, ruteni, ucrainei, ruşi, bulgari, ţigani şi turco-tătari, sporind anual în medie cu 1,22 %, în intervalul 1931-1940, populaţia ţării depăşise 16,9% (neromâni). În urma ocupării ca rezultantă a notei ultimative de la 27 iunie a Basarabiei, Bucovinei de Nord şi a regiunii Herţa din judeţul Dorohoi de URSS; atribuirea prin Arbitrajul de la Viena, din 30 august, a Crişanei de Nord, a Maramureşului şi a Transilvaniei de Nord-Est către Ungaria şi cedarea, acceptată în convenţia încheiată la Craiova în ziua de 6 septembrie către Bulgaria, a Cadrilaterului, suprafaţa României a fost redusă cu 100.293 km pătraţi, rămânând 194.756 km pătraţi (ceea ce reprezintă 69,6%).

În zbaturile acestor evenimente, ajuns în refugiu la Rădăuţi şi, ulterior, la Bucureşti, (bucovinenii din partea de nord şi basarabenii au trebuit să-şi părăsească locurile de baştină încă din 28 iunie 1940), Brăileanu, sensibil la drama refugiaţilor, el însuşi refugiat, va face parte din Comitetul de ajutorare şi îndrumare a refugiaţilor constituit în cadrul Cercului Bucovinenilor, alături de Ion Nistor, Teofil Sidorovici, George Vântu,  Şerban Flondor, Teofil Sauciuc-Popovici, I.E.Torouţiu ş.a. Această asociaţie va deveni în scurt timp un veritabil centru coordonator care a stabilit legături, în vederea acordării de sprijin, cu toate zonele ţării unde se găseau grupuri mai însemnate de evacuaţi din partea de nord a Bucovinei.

Nici sociologul bucovinean nu este scutit în urma refugiului de o serie întreagă de neplăceri, fiind nevoit să lase în urma sa casa din Cernăuţi şi toate bunurile, astfel fiind pierdute iremediabil o mulţime de cărţi şi documente, practic o bibliotecă întreagă a cărei valoare, nu atât materială, cât spirituală, ar fi imposibil de estimat.

Ar mai fi necesar de completat că tot în 1940, pe 8 august, în timpul guvernului Gigurtu, deci înainte de a deveni ministru Traian Brăileanu, este emis decretul-lege privind starea juridică a locuitorilor evrei din România, care prevedea revizuirea cetăţeniei evreilor stabiliţi în ţară după 30 decembrie 1918. Acest decret legifera o serie întreagă de discriminări pentru evrei, cum ar fi, printre altele, faptul că aceştia nu mai aveau dreptul să dobândească funcţii publice, proprietăţi rurale, să participe la activitatea publică a ţării, să fie militari de carieră. Una dintre cele mai aberante prevederi, dictate de un al doilea decret, este cea conform căreia sunt interzise căsătoriile între români şi evrei.

Dincolo de toate acestea, ar mai fi de spus şi faptul că după 23 august 1944, parcă nefiind de ajuns suferinţa refugiului şi sacrificiile uriaşe pe care le-a implicat o aşa faţă a realităţii, Traian Brăileanu îşi pierde pentru totdeauna cumnatul, pe Vasile Irimescu, primarul comunei Bilca din acea vreme. Acesta se pare că a fost răpit sub ameninţarea armelor de foc de pe teritoriul românesc, de o patrulă sovietică, în scopul probabil al obţinerii de informaţii şi, ulterior, ucis.

Cu toate acestea, anul 1940 va fi, pentru activitatea politică a lui Traian Brăileanu, unul care va atinge apogeul, fiind ales ministru al Educaţiei Naţionale, Cultelor şi Artelor în noul guvern legionar, având-i în calitate de secretari generali, în cadrul ministerului pe care-l va conduce, pe Traian Herseni şi Vladimir Dumitrescu, ultimul impus de Horia Sima. În acea perioadă, întrucât se afla în refugiu, Cernăuţiul fiind ocupat de sovietici, profesorul bucovinean se transferă de la Universitatea din Cernăuţi la Universitatea din Bucureşti, la fel ca o serie întreagă de colegi de-ai lui.  [pag.75-77]