Sfârşitul anului 1941 a adus şi o măsură radicală în privinţa sectelor care funcţionau ilegal şi a aderenţilor care aduceau atingere siguranţei naţionale. Astfel, printr-un Ordin Circular al I.G.J. (nr. 48714, din 2 decembrie 1941), se prevedea că „întrucât majoritatea sectanţilor sunt comunişti care-şi propagă ideile sub masca ereziilor religioase, Domnul Mareşal Antonescu ordonă să fie descoperiţi şi trimişi în judecată. Dar, aceste măsuri nu rezolvau fondul problemei, cauzele adevărate ale părăsirii bisericii tradiţionale româneşti în favoarea unor credinţe „rătăcite”. „Aceste secte – constata mareşalul Antonescu, la 10 decembrie 1941, în cadrul Consiliului de Miniştri pentru Şcoală, Biserică, Muncă, Sănătate şi Justiţie – s-au răspândit la noi din cauza preoţilor, din cauza lipsei lor de la datorie sau nu şi-au făcut-o aşa cum trebuie. Un exemplu concret a fost oferit de inspecţia în judeţele Constanţa şi Tulcea, efectuată la începutul lunii noiembrie 1941, când acelaşi a atenţionat Subsecretariatul de stat al cultelor că au fost găsiţi „preoţi absenţi de la datorie, în plină sărbătoare, aflându-se în permisie” ( cazul preotului Ionescu din Lunca-Tulcea). În acelaşi  timp, unele biserici şi cimitire erau „în gravă stare de murdărie” şi „în dezordine” (cazul bisericilor din Ceamurlia de Jos, Lunca şi Mangalia). Nu în ultimul rând, s-a constatat că loturile de 10 ha aflate la dispoziţia bisericilor pentru îngrijire şi înfrumuseţare „folosesc preoţilor mari şi mici, pentru interese personale”.
Până la instaurarea forţată a bolşevismului, zona urbană era sub jurisdicţia Direcţiei Generale de Poliţie. O unitate operativă din subordinea acesteia, Biroul de Studii al Direcţiei Poliţiei de Siguranţă, a alcătuit o dare de seamă privind propria activitate în perioada aprilie 1942 – martie 1943. Capitolul opt, referitor la sectele religioase, afirmă şi că, prin închiderea caselor de rugăciuni care funcţionau ilegal, „acţiunea de prozelitism a sectelor a fost mult diminuată”. Pe lângă acestă măsură punitivă, s-au mai efectuat şi arestări – mitropolitul lipovenesc Tihon din Ismail, preotul Donţov din Bălţi etc. – iar ca urmare, precizează documentul, s-a produs o revenire la ortodoxie a unui număr „important” de credincioşi. În acestă perioadă au fost arestaţi 144 de sectanţi (64 fiind condamnaţi şi 13 internaţi), iar 499 de persoane au revenit la credinţa naţională strămoşească. Cei mai mulţi arestaţi s-au înregistrat la Cernăuţi şi Chişinău (43, respective 69), tot acolo fiind înregistraţi şi cei mai mulţi „reveniţi” (101, respectiv 357). Pentru următoarele trei luni, acelaşi Birou  constata existenţa unui număr de 89 arestaţi (42 la Cernăuţi, 14 la Constanţa, 11 la Chişinău etc.) şi 266 reconvertiţi (212 la Cernăuţi, 18 la Chişinău etc.).

La rândul lui, Ministerul de Război nu putea omite din studiile întocmite evidenţa, acţiunile şi obiectivele urmărite de sectele religiose. „Propaganda sectantă – se arată într-un document intitulat „Mişcări cu caracter religios”, din 1942-1943 – străină cultelor religioase recunoscute de stat, câştigă adepţi mai ales printre sufletele slabe, fără cultură şi educaţie. Practic, propaganda se efectua de către misionari care cutreierau ţara defăimând preoţii diverselor culte recunoscute de stat, prin broşuri şi publicaţii oferite gratuit, la care se adăugau reuniunile, predicile, serbările, congresele ţinute, mai ales, în aer liber. În urma observaţiilor istorice, s-a constatat că marea majoritate a predicatorilor au venit din Rusia şi din ţările anglo-saxone, ideologia propagată de ei atingea atât religia creştină cât şi unitatea naţională, iar în anumite cazuri erau perturbate bunele moravuri şi chiar ordinea publică.

Astfel, conform documentului, ,,studenţii în Biblie” (,,mileniştii”) erau consideraţi periculoşi deoarece urmăreau „turburarea vieţii omeneşti, distrugerea rânduielilor de stat şi mai ales a aşezămintelor bisericii ortodoxe”. Înfiinţată în anul 1900, în Brooklyn, New York, SUA, secta aprecia doar Sfânta Scriptură şi cartea pastorului Russell (7 volume traduse în 19 limbi şi tipărite în 5 milioane de exemplare), însă propovăduia comunismul (nu se botezau, nu se căsătoreau religios, nu aveau sărbători toate zilele fiind egale). În România, numărul lor se dublase în 1932 faţă de 1931, dar după această dată a scăzut în permanenţă. Cei mai mulţi se aflau în Ardeal şi nordul Basarabiei, cu deosebire în judeţele Hotin, Mureş, Bistriţa-Năsăud, Maramureş şi Cluj.
,,Martorii lui Iehova” erau luaţi în evidenţe ca fiind la fel de periculoşi ca şi ,,studenţii în Biblie”, dar având un număr scăzut de aderenţi, cei mai mulţi locuind în Ardeal (judeţele Hunedoara, Mureş, Turda şi Satu-Mare).

,,Stundiştii” au fost înfiinţaţi de pastorul Iacob Spener, din Berlin, în secolul al XVII-lea şi au apărut în România prin 1870, aduşi de Rabinovici din Teleneşti-Orhei. La data întocmirii documentului, erau luaţi în evidenţă deoarece „au principii comuniste şi deci sunt elemente periculoase statului şi bisericii, dar numărul lor era mic, majoritatea fiind colonişti germani din sudul Basarabiei.
,,Penticostaliştii” (,,tremurătorii”) au apărut în Anglia anului 1660, în timpul frământărilor din cadrul bisericii anglicane, sub conducerea cizmarului Fok. Pavel Budeanu era menţionat ca fiind cel care a adus secta în România, în 1923, răspândind-o în nordul Moldovei şi în Brăila. La mijlocul anilor 1930, numărul membrilor era în creştere, iar localizarea lor era în Ardeal, Bucovina şi nordul Basarabiei.

,,Inochentiştii” aveau, indiscutabil, o istorie extrem de interesantă. Ioan Turcan-Livizor (n. Cosăuţi-Soroca) a devenit „frate” la mănăstirea Dobruşa-Orhei, unde a stat timp de patru ani. După aceea a plecat în pelerinaj şi a ajuns la mănăstirea Vadubiţki, de lângă Kiev, al cărei stareţ era un basarabean, Ioan, considerat „cel mai bogat mistic”. În 1909, Turcan-Livizor s-a stabilit la mănăstirea din Balta, s-a călugărit sub numele de Inochentie şi, după un timp, a fost ridicat la rangul de ieromonah. Datorită calităţilor sale – vorbea şi cânta frumos – a  cucerit ascultătorii, vestea i s-a dus şi a început să sporească numărul vizitatorilor la mănăstire. După un timp însă, a început să provoace „grave excese de exaltaţiune religioasă”, fapte pentru care a fost trimis în sihăstrie la Murman, în Rusia de nord. În 1913 a încercat să evadeze, dar a fost prins şi mutat la schitul Soloveţchi din Insula Morţii. Revoluţia lui Kerenski din Rusia l-a eliberat şi, în iunie 1917, s-a reîntors la mănăstirea din Balta. Datorită suferinţelor îndurate, cu sănătatea şubrezită, Inochentie s-a stins din viaţă la 30 decembrie 1917 şi este înmormântat în „peşterile raiului” de la Balta. Ideea principală propovăduită de el consta în apropierea sfârşitului lumii deoarece „starea lumii este groaznică. Din această cauză, tinerii nu trebuiau să se căsătorească, cei căsătoriţi să-şi părăsească viaţa conjugală, se interziceau fumatul şi înjurăturile, iar fetele şi femeile trebuiau să-şi tundă părul. După moartea lui Inochentie, transpunerea în practică a ideilor lui „a degenerat spre desfrâu şi orgii de nedescris, care se predică şi astăzi pe meleagurile Basarabiei, după cum afirmă documentul Ministerului de Război. La data întocmirii acestuia, secta era îndrumată de un oarecare Grigore Culea, zis Tătunia, ai cărei adepţi erau „aproape toţi loviţi de viciul omenirii-sifilisul.  În 1935, existau 2. 300 de adepţi, dar de atunci numărul lor a scăzut continuu, majoritatea trăind în Basarabia (mai puţin judeţele Cetatea Albă şi Ismail) şi în două judeţe din Moldova (Fălciu şi Neamţ).

,,Nararenii” (,,nazareninenii”) erau o altă sectă considerată periculoasă, înfiinţată, în 1850, de germanii Vitz şi Freulich, în Elveţia. Învăţătura lor se baza pe Sfânta Scriptură şi Noul Testament, iar obiectivul lor îl reprezenta discreditarea şi batjocorirea bisericii ortodoxe. Considerau că învăţătura vine de la diavol şi nu studiau nimic, nesocoteau războiul, nu ţineau arme în mâini şi nu se distrau sub nici o formă. Judeţele în care au fost semnalaţi erau Timiş-Torontal, Caraş, Severin, Arad, Bihor, Sălaj şi Cernăuţi.

,,Stiliştii” erau ortodocşii care au rămas la vechiul stil al sărbătorilor bisericeşti, majoritatea dintre ei fiind în Moldova, Basarabia şi Bucovina. Stilul vechi era păstrat, mai ales, în Ucraina unde preoţii locali desfăşurau o activă propagandă în vederea înfiinţării unui stat ucrainean independent.
,,Adventiştii reformişti”, percepuţi ca fiind „anarhici şi potrivnici rânduielilor omeneşti, până şi contra căsătoriei” – numărau doar două mii de persoane, dispersate în Constanţa, Prahova, Hotin şi Maramureş.

,,Tudoriştii” au luat fiinţă în 1919 la Bucureşti, iniţiator fiind preotul Theodor Popescu, sub înrâurirea ierodiaconului Cornilescu. Câţiva ani mai târziu (1925), Popescu a fost caterisit – asemenea centre existând în Câmpulung-Muscel, Ploieşti şi Bârlad – dar învăţătura sa era considerată un amalgam de protestantism, anglicanism, baptism şi ortodoxism. Nu au fost niciodată mai mult de o mie de aderenţi, cei mai mulţi în judeţele Ilfov, Prahova şi Muscel.

,,Lipovenii” (,,popoviţii”, ,,bezopopoviţii”) aveau şi ei o istorie reală cu un final tragic, începută în 1740 când călugărul Filip a candidat la stareţia mănăstirii Vigoretka. Nefiind ales, el a plecat cu adepţii săi, şi-a construit un schit într-o pădure, autorităţile au vrut să-l desfiinţeze, ei s-au baricadat înăuntru, li s-a dat foc şi au ars de vii. În continuare, aderenţii şi-au luat numele de „filipoveni” de la care s-a tras, ulterior, denumirea de „lipoveni”. Lipovenii-bezopopoviţi nu aveau preot, ci doar un dascăl numit „Nastavnic”, aşezarea lor fiind în zonele  Tulcea, Brăila, Lăpuşna şi Cetatea –Albă. Ei nu admiteau să aibă clerici învăţaţi în şcoli, deoarece cântăreţii cei mai buni din biserică erau consideraţi cei mai buni practicanţi şi, în consecinţă, aleşi preoţi. Cei mai mulţi dintre lipovenii-popoviţi îşi desfăşurau activitatea în judeţele Hotin, Rădăuţi şi Suceava. Peste toţi lipovenii exista un mitropolit cu sediul la Fântâna Albă, în Bucovina. Bezopopoviţii erau în număr de 8. 341 (în 1936)  şi de atunci se aflau în „ascensiune”, în timp de popoviţii erau „constanţi”, cifra lor nedepăşind trei mii de membri.

Tot în cadrul sectelor tolerate intrau ,,adventiştii de ziua 7”, ,,baptiştii” şi ,,evangheliştii”, care făceau, şi ei, obiectul studiului iniţiat de Ministerul de Război. Astfel, primii au apărut în România după 1870, însă abia după 1906 au început să aibă o oarecare influenţă şi să abată „de la calea bună” pe români. La nivel naţional, exista o uniune împărţită în şase secţiuni sau conferinţe – Muntenia, Oltenia, Moldova, Bucovina, Transilvania şi Banat – aflate sub conducerea unui anume Păunescu. Recensământul în privinţa lor, la mijlocul anilor 1930, a identificat 16. 640 membri, majoritatea în Teleorman, Hotin, Prahova, Râmnicu-Sărat şi Mureş.

Pastorul John Smith a înfiinţat ,,Baptismul”, în 1600, care, în esenţă, nu admitea botezul în copilărie. Baptiştii nu recunosc botezul ca taină, ci ca o simplă declaraţie, iar copiii neputând face declaraţia nu se pot boteza. Primii astfel de sectanţi au pătruns în România pe la Arad, în jurul anului 1870. Evreul Leon Averbuch, botezat şi devenit predicator baptist în Anglia, a desfăşurat misionariat în Basarabia la sfârşitul secolului  al XIX-lea. În decurs de zece ani (1930-1940) numărul lor a crescut de trei ori (de la 15. 743 la 51. 492). Centrele lor principale erau în Bihor, Arad, Caraş, Hotin, urmate de Severin, Sălaj şi Cetatea Albă.

Un alt pastor anglican, J. N. Darby, şi-a părăsit confesiunea, în 1837, pentru a fonda în Elveţia, spre sfârşitul secolului al XIX-lea, ,,Evanghelismul”. În opinia Ministerului de Război, acesta „cu greu se deosebeşte de alte secte şi nici nu este una şi aceiaşi la toate centrele. Germanii Kool şi Kraus au adus evanghelismul la Braşov, iar Grigore Constantinescu a desfăşurat activitate de prozelitism, la Bucureşti şi Iaşi, până în 1928. Cifra lor totală nu depăşea şapte mii de membri, cei mai mulţi identificaţi locuind în Hotin şi Botoşani.
În finalul documentului, Ministerul atrăgea atenţia asupra sectelor, pe care le împărţea în „secte foarte periculoase” şi „secte mai puţin periculoase”. În prima categorie intrau ,,Asociaţiunile mileniste”, ,,martorii lui Iehova”, ,,penticostaliştii”, ,,nazarenii”, ,,inochentiştii”, ,,hlaştii”, ,,adventiştii-reformişti” şi ,,secerătorii”. În cea de-a doua categorie erau grupaţi ,,răscolnicii”, ,,selivanoviştii” (,,scapeţii”), ,,lipovenii”, ,,foteiştii” (,,rătăcirea lui Gh. Fotescu”), ,,tudoriştii”, ,,aconfesionalii”, ,,molocanii”, ,,bezopopoviţii”, ,,duhoborţii”, ,,stundiştii” şi ,,stiliştii”.

Perioada primilor ani postbelici

Intrarea României în sfera de influenţă sovietică a însemnat şi impunerea copierii aproape identice a modelului de organizare a imperiului roşu. Acest obiectiv nu putea fi atins decât dacă întreaga societate era controlată de puterea politică, pentru a exclude orice formă de opoziţie. De aceea, activitatea religioasă era în prim-planul acţiunilor represive ale regimului care se declara ateu. Nici sectele nu au scăpat de ochiul omniprezent al instituţiilor statului abilitate cu obţinerea şi păstratrea ,,cuceririlor revoluţionare”. Statutul juridic al cultelor religioase a fost prevăzut în art. 27 al Constituţiei Republicii Populare Române, publicată în ,,Monitorul Oficial”, Partea I nr. 87 bis din 13 aprilie 1948:
,,Libertatea conştiinţei şi libertatea religioasă sunt garantate de Stat.
          Cultele religioase sunt libere să se organizeze şi pot funcţiona liber dacă ritualul şi practica lor nu sunt contrarii Constituţiei, securităţii publice sau bunelor moravuri.
          Nici o confesiune, congregaţie sau comunitate religioasă nu poate deschide sau întreţine instituţii de învăţământ general, ci numai şcoli speciale pentru pregătirea personalului cultului sub controlul Statului”.
Prevederile de la primul alineat au rămas literă moartă, deoarece ele intrau în contradicţie cu spiritul ,,dictaturii proletariatului”. Dimpotrivă, prin reglementările care au urmat, între care un loc important a revenit Decretului nr. 177 pentru regimul general al cultelor religioase (publicat în ,,Monitorul Oficial”  din 4 august 1948), s-a reuşit supunerea totală a reprezentanţilor cultelor autorizate.
Pentru mai buna coordonare a represiunii, instituţiile militare ale statului de ,,democraţie populară” au primit ordine precise, pe care s-au grăbit să le pună în practică. Astfel, şi Jandarmeria (care avea să fie înlocuită cu Miliţia, în februarie 1949) a primit numeroase ordine de acest fel. Un exemplu îl constituie un ordin circular (adresat tuturor formaţiunilor subordonate), în care, după enumerarea cultelor noi, asociaţii şi misiuni religioase permise (,,cultul creştin de rit vechi”, ,,cultul creştin după Evanghelie”, ,,asociaţia religioasă a creştinilor pravoslavnici tradiţionalişti de la răsărit”, ,,ucenicii lui Isus Hristos” şi ,,misiunea bisericii norvegiene”) şi a celor cu activitate suspectă (,,cultul creştin baptist”, ,,cultul adventist de ziua 7”, ,,asociaţia religioasă a adventiştilor de ziua 7 din România”, ,,asociaţia religioasă biserica lui Dumnezeu apostolică, zisă penticostalistă”) se preciza:
,,Sectanţii adepţi ai cultelor noi, asociaţiilor şi misiunilor religioase permise vor fi consideraţi ca elemente suspecte ordinii publice şi Siguranţei Statului deoarece majoritatea au legături şi primesc ajutoare din străinătate. S-a constatat că sunt legaţi de anumite cercuri reacţionare imperialiste”.
După enumerarea asociaţiilor religioase interzise (,,asociaţiile mileniste”, ,,studenţii în Biblie”, ,,martorii lui Iehova”, ,,secerătorii”, ,,tremurătorii” sau ,,hiliştii”, ,,inochentiştii”, ,,stiliştii” - neîncadraţi în asociaţiile tradiţionale, recunoscute), acelaşi ordin mai preciza:
,,Aceste asociaţii religioase interzise desfăşoară o intensă activitate, propagând idei anarhice dăunătoare ordinei publice şi siguranţei statului.
Toţi cei bănuiţi a fi adepţii acestor secte, vor fi continuu supravegheaţi, urmăriţi în întreaga lor activitate şi atunci când vor fi dovediţi cu certitudine vor fi deferiţi justiţiei”.   
Această succintă prezentare a percepţiei sectelor religioase de către autorităţile militare ale statului român, în perioada anilor 1930-1940, se poate încheia cu punctul de vedere al jandarmilor, care, într-un document, concluzionau: „După cum luptele religioase din trecut au servit o politică imperialistă, tot astfel şi astăzi fărâmiţatea bisericii strămoşeşti în diferite credinţe rătăcite, constituie un mijloc fructuos în slujba acelora care vor să ne stăpânească bogăţiile, urmând principiul latin «Divide et Impera»”.